Amonia inajumuisha nitrojeni na hidrojeni (NH3). Katika mfumo wa Aquaponics samaki ni wazalishaji wa msingi wa Amonia. Amonia ni muhimu ili kuchochea uzalishaji wa nitrites na nitrati.
Wakati wa kufanya mzunguko samaki-chini ya mfumo wa Aquaponics utaongeza dozi ndogo ya Amonia ili kuongeza bakteria faida ambayo kisha kuzalisha nitrites na nitrati.