Um biofiltro é um componente dentro de um sistema aquapônico que catalisa a conversão de amônia em nitratos e, em seguida, em nitratos, proporcionando um ambiente ideal para bactérias benéficas. Não há “filtração mecânica” como o nome sugere.
A água dos tanques de peixes entra neste biofiltro com amônia do peixe. O componente então borbulha esta água vigorosamente com alguma forma de mídia que cria área de superfície para bactérias. Como esta bactéria prospera em ambientes aeróbicos, a conversão de amônia em nitratos acontece significativamente mais rápido. Estes nitratos, em seguida, se acostumar com as plantas para cultivar sua comida deliciosa.