Un biofiltro è un componente all'interno di un sistema acquaponico che catalizza la conversione dell'ammoniaca in nitrati e poi in nitrati fornendo un ambiente ideale per i batteri benefici. Non esiste una «filtrazione meccanica» come suggerisce il nome.
L'acqua proveniente dalle vasche di pesce entra in questo biofiltro con l'ammoniaca del pesce. Il componente quindi bolle vigorosamente quest'acqua con qualche forma di mezzo che crea una superficie per i batteri. Poiché questo batterio prospera in ambienti aerobici, la conversione dell'ammoniaca in nitrati avviene significativamente più rapidamente. Questi nitrati poi abituarsi dalle piante per coltivare il vostro cibo delizioso.