L'ammoniaca è composta da azoto e idrogeno (NH3). In un sistema Aquaponics i pesci sono i principali produttori di ammoniaca. L'ammoniaca è essenziale per stimolare la produzione di nitriti e nitrati.
Quando si esegue un ciclo senza pesce di un sistema Aquaponics si aggiungono piccole dosi di Ammoniaca al fine di aumentare i batteri benefici che poi produrranno nitriti e nitrati.