अमोनिया नाइट्रोजन और हाइड्रोजन (एनएच 3) से बना है। एक एक्वापोनिक्स सिस्टम मछली में अमोनिया के प्राथमिक उत्पादक हैं। अमोनिया नाइट्राइट्स और नाइट्रेट्स के उत्पादन को प्रोत्साहित करने के लिए आवश्यक है।
जब एक Aquaponics प्रणाली के एक मछली कम चक्र कर आप अमोनिया की छोटी खुराक जोड़ देगा आदेश में लाभ बैक्टीरिया जो तब नाइट्राइट और नाइट्रेट का उत्पादन होगा बढ़ाने के लिए।