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La culture de légumes dans de l'eau contenant des excréments de poisson et d'autres matières organiques, y compris les résidus de poissons et de particules végétales, constitue une préoccupation majeure en matière de salubrité alimentaire liée à l'aquaponie. Les bactéries pathogènes peuvent pénétrer dans le système par l'eau, les excréments d'animaux, les semis de plantes, les outils ou les humains. Le principal risque associé aux animaux à sang chaud est l'introduction de Escherichia coli, tandis que les oiseaux peuvent porter Salmonella spp. (FAO 2014). E. coli O157:H7, Salmonella spp. et Listeria monocytogenes sont les principaux agents pathogènes d'origine alimentaire que l'on peut trouver dans le système d'eau en recirculation et dont on a démontré la survie dans ces conditions. La contamination fécale des systèmes aquaponiques a surtout été détectée lorsqu'une source d'eau de mauvaise qualité a été utilisée ou lorsque des apports fécaux provenant d'animaux domestiques ou d'animaux sauvages étaient possibles (Fox et al. 2012). Malgré des rapports publiés antérieurement indiquant l'internalisation2 d'agents pathogènes d'origine alimentaire humaine tels que E. coli O157:H7 et Salmonella dans les légumes, l'étude réalisée par Moriarty et al. (2018) n'a pas fourni de preuves d'internalisation bactérienne. L'internalisation peut être un phénomène que dans des circonstances spécifiques comme une très forte concentration bactérienne et des lésions végétales (surtout lorsque les racines sont endommagées) qui augmentent la probabilité d'internalisation bactérienne.

2 Les bactéries pénètrent par des ouvertures naturelles à la surface de la plante et/ou par des sites de dommages biologiques ou physiques, ou des bactéries sont tirées dans les tissus internes avec de l'eau ([Deering et al. 2012)] (

De plus, les poissons provenant de sources non fiables peuvent introduire des virus et des maladies d'origine alimentaire (p. ex. Vibrio spp.) qui ne sont pas couramment associés aux fruits et légumes (Fox et al. 2012). Des parasites tels que Cryptosporidium et Girdia lamblia peuvent également être introduits dans l'eau elle-même, de sorte que la source d'eau utilisée en aquaponie est très importante pour la sécurité des produits alimentaires (Ljubojević et al. 2017). La principale voie de contamination bactérienne des produits provient du dépôt d'eau de bactéries à la surface.

Les conditions dans les systèmes aquaponiques (environnements chauds, humides, à faible teneur en oxygène et à forte teneur en matière organique) favorisent les pathogènes d'origine alimentaire qui sont également dangereux pour les poissons et les plantes. La présence de sédiments semble être l'un des principaux facteurs influant sur la persistance des agents pathogènes (Association Aquaponics 2015). Par conséquent, les producteurs aquaponiques ne devraient pas permettre que ces conditions se développent dans leurs systèmes pour des raisons technologiques aussi bien que pour des raisons de sécurité alimentaire. Les études sur les agents pathogènes d'origine alimentaire chez les poissons suggèrent que, s'ils sont exposés, les poissons peuvent être porteurs d'agents pathogènes d'origine alimentaire pendant une courte période. Lorsqu'ils sont dans un bassin avec une bonne aération et une bonne élimination des solides, la survie des agents pathogènes chez les poissons est très faible. Cependant, lorsque les poissons sont dans un bassin où les sédiments sont accumulés et où l'aération est mauvaise, les agents pathogènes persistent beaucoup plus longtemps et à des niveaux plus élevés (Aquaponics Association, 2015).

La plupart des poissons ne présentent pas de niveaux significatifs de risques causant des maladies chez l'homme. Si le poisson est traité thermiquement avant consommation, toute contamination est habituellement éliminée rapidement (Lee et al. 2015). Cependant, des précautions particulières sont nécessaires si le poisson est consommé cru (p. ex. sushi, carpaccio ou ceviche). Les légumes verts à feuilles et autres légumes crus sont également des produits à haut risque : 13,9 % des foyers d'origine alimentaire dans l'UE sont causés par des fruits et légumes (EFSA et ECDC 2017]. Les légumes verts feuillus sont une culture à risque élevé parce qu'ils :

  • sont souvent consommés crus

  • pousser près de la surface

  • ont une surface très élevée pour leur masse

Les feuilles vertes ont tendance à délivrer une dose beaucoup plus élevée d'agents pathogènes par portion que tout autre type de produit s'ils sont contaminés (Aquaponics Association 2015). Les herbes, comme le basilic ou la menthe, ont tendance à présenter un risque plus faible parce que des quantités plus petites de ces plantes sont consommées par rapport à la laitue (Lee et al. 2015). Une étude de Barnhart et al. (2015) n'a révélé aucune différence significative entre la contamination des feuilles feuillées non emballées à texture lisse dans les épiceries cultivées en aquaponie, en hydroponie et en culture du sol.

La contamination par des produits chimiques et des toxines est également préoccupante. Toutefois, l'environnement contrôlé dans les installations aquaponiques peut rendre ces risques moins probables que d'autres formes de production agricole. Le producteur aquaponique doit être conscient que tout produit chimique utilisé avec des plantes pourrait affecter le poisson et que tout produit utilisé avec le poisson pourrait affecter les plantes et les consommateurs. Les conséquences potentielles sur la santé publique de la contamination par des risques physiques dans la production primaire semblent relativement rares.

Pour éliminer ou réduire les risques à des niveaux acceptables, les producteurs d'aquaponie devraient mettre en œuvre des mesures préventives telles que le GAP (GOOD AGricultural PRactice) et le GHP (GOOOD HYgiene PRactice). Une approche préventive systémique d'analyse des dangers et de maîtrise des points critiques (HACCP) devrait également être mise en œuvre pour améliorer le GAP et le GHP (figure 1).

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Figure 1 : Le GAP et le GHP sont des prérequis importants du HACCP, constituant respectivement ¾ et ¼ de l'approche préventive de la salubrité des aliments

*Copyright © Partenaires du projet Aqu @teach. Aqu @teach est un partenariat stratégique Erasmus+ dans l'enseignement supérieur (2017-2020) dirigé par l'Université de Greenwich, en collaboration avec l'Université des sciences appliquées de Zurich (Suisse), l'Université technique de Madrid (Espagne), l'Université de Ljubljana et le Centre biotechnique Naklo (Slovénie) . *

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