Un biofiltro es un componente dentro de un sistema aquapónico que cataliza la conversión del amoníaco en nitratos y luego en nitratos proporcionando un ambiente ideal para bacterias beneficiosas. No hay «filtración mecánica» como su nombre indica.
El agua de los tanques de peces entra en este biofiltro con amoníaco de los peces. El componente entonces burbuja esta agua vigorosamente con alguna forma de medio que crea área superficial para las bacterias. Debido a que esta bacteria prospera en ambientes aeróbicos, la conversión de amoníaco en nitratos ocurre significativamente más rápido. Estos nitratos se acostumbran a las plantas para cultivar su deliciosa comida.