El amoníaco está compuesto de nitrógeno e hidrógeno (NH3). En un sistema Aquaponics, los peces son los principales productores de amoníaco. El amoníaco es esencial para estimular la producción de nitritos y nitratos.
Al hacer un ciclo sin peces de un sistema Aquaponics, agregará pequeñas dosis de amoníaco con el fin de aumentar las bacterias benéficas que luego producirán nitritos y nitratos.