تتكون الأمونيا من النيتروجين والهيدروجين (NH3). في نظام أكوابونيكش الأسماك هي المنتجين الرئيسيين للأمونيا. الأمونيا ضرورية لتحفيز إنتاج النتريت والنترات.
عند القيام بدورة أقل من الأسماك من نظام أكوابونيكش سوف تضيف جرعات صغيرة من الأمونيا من أجل زيادة البكتيريا المفيدة التي سوف تنتج بعد ذلك النتريت والنترات.